För att sökmotorerna överhuvudtaget ska kunna indexera innehållet på en webbplatsen så måste de först kunna hitta det. Det gäller därför att göra det enkelt för sökmotorer, och vanliga besökare, att navigera till alla sidor på webbplatsen
Det är även viktigt att inte använda teknik som stänger ute robotar eller de som surfar med olika hjälpmedel och liksom sökmotorerna har svårt att följa länkar som enbart fungera med javascript. Att ha ett häftigt menysystem som helt och hållet är beroende av att besökaren har javascript aktiverat, eller flash installerat, leder alltså till att sajten troligen inte kommer att få med särskilt många sidor i sökmotorernas index - vilket inte är så lyckat om man vill optimera sajten.
Man bör sträva att hålla strukturern så platt som möjligt, dvs ha så få klick som möjligt till alla sidor. När man måste dela upp strukturen i olika avdelningar ska man hålla alla sidor inom samma ämne i samma avdelning, vilket inte alltid är helt enkelt att följa på lite större webbplatser.
Detta gör att sökmotorerna enklare förstår vad webbplasen handlar om, det är även oftast mest logiskt för vanliga besökare om informationen är organiserad på det sättet. Rand Fishkin från SEOmoz diskuterar olika sätt att strukturera en webbplats. Se mer.
För att sökmotorerna ska kunna hitta till innehållet måste navigationen, alla interna länkar, vara riktiga länkar och inte vara beroende av tex javascript. Det är även viktigt att använda ankartexten, länktexten, på interna länkar för att tala om för sökmotorerna vad de olika sidorna handlar om, detta är faktiska länkar man själv har full kontrol över så det gäller att utnyttja dem, utan att för den delen gå till överdrift - länktexterna ska även ge vanliga besökare den information de behöver.